Marcel the Shell bor i hemmelighet sammen med skjellfamilien sin i et romslig forstadshus, helt til husets eiere har en voldsom krangel, flytter fra hverandre og legger huset ut for leie på Airbnb. I forbindelse med samlivsbruddet forsvinner alle de andre skjellene – bortsett fra bestemor Connie (en vidunderlig Isabella Rossellini) – som er gammel og pleietrengende. Marcels liv blir brått vanskelig.
Perlen «Marcel the Shell with Shoes On» ble kun vist på festival da den kom i 2021, men kan endelig strømmes.