Baglerflokken ble grunnlagt i Skåne, som da var en del av Danmark, av Nikolas Arnesson, biskop i Oslo. Med seg hadde han blant andre erkebiskop Eirik Ivarsson. Begge de to biskopene levde på det tidspunktet i eksil i Danmark på grunn av konflikten mellom kong Sverre og kirken. Navnet bagler kommer av ordet bagall, som betyr bispestav.