Forandringsfabrikken har kommet i offentlighetens søkelys etter at en rekke ungdommer som har jobbet der har varslet om kritikkverdige arbeidsforhold, og at de føler seg sviktet. Styret i stiftelsen har bestilt en ekstern granskingsrapport. Barne-, ungdoms- og familiedirektoratet (Bufdir) vil ha sin egen undersøkelse.