Siden 11. september 2001 har spansk politi gjentatte ganger gått til aksjon mot mistenkte al Qa'ida-celler blant Spanias betydelige muslimske befolkning. Blant de arresterte i 2001 var Imad Eddin Barakat Yarkas, angivelig leder av al Qa'idas spanske nettverk. I Alicante og Granada i skal al Qa'ida ha drevet trening og rekruttering. I Valencia og Logrono skal nettverket ha drevet hvitvasking av penger. Før 11. september 2001 skal noen av flykaprerne, deriblant Mohammed Atta, ha forberedt seg nettopp i Spania. Den spanske dommer Baltasar Garzon konkluderer med at mange av al Qa'idas operasjoner har vært planlagt i Spania. Garzon er tidligere kjent for å ha siktet den tidligere chilenske presidenten Agusto Pinochet for brudd på menneskerettighetene og for å ha arrestert ledelsen for det baskiske partiet Herri Batasuna.