Marcel the Shell bor i hemmelighet sammen med skjellfamilien sin i et romslig forstadshus, helt til husets eiere har en voldsom krangel, flytter fra hverandre og legger huset ut for leie på Airbnb. I forbindelse med samlivsbruddet forsvinner alle de andre skjellene – bortsett fra bestemor Connie (en vidunderlig Isabella Rossellini) – som er gammel og pleietrengende. Marcels liv blir brått vanskelig.