Blant mange fattige i Latin-Amerika vil pave Johannes Paul II bli husket for sin innbitte kamp mot den såkalte frigjøringsteologien. Denne religiøse retningen, som fikk mange tilhengere blant prester og biskoper i Latin-Amerika på 70-tallet, forener det kristne budskap med kamp for sosial rettferdighet. Mange frigjøringsteologer er blitt drept i denne kampen. Mellom 1977 og 1979 ble fem prester drept i El Salvador. Erkebiskop i El Salvador, Oscar Romero, dro i 1979 til Roma med en detaljert rapport over undertrykkelsen i landet. Pave Johannes Paul nektet å ta imot rapporten. Romero dro nedslått tilbake til sitt hjemland, men på tross av pavens avvisende holdning fortsatte han å arbeide for de fattige og undertrykte i landet. Til slutt gikk han så langt som å oppfordre soldatene i den salvadoranske hæren til å nekte å følge offiserenes ordre. Den 24. mars 1980 ble han skutt mens han sto på talerstolen. Samme år ble fire amerikanske nonner voldtatt og drept i El Salvador. Vatikanet fordømte disse drapene, men kom ikke med noen kritikk av militærregimet som stod bak dem. På tross av disse og en rekke andre drap på geistlige, fortsatte pave Johannes Paul sin kamp mot frigjøringsteologien, som han mente var altfor mye infisert av marxisme. Lederen av den pavelige inkvisisjon, den erkekonservative tyske kardinal Joseph Ratzinger, ble satt på saken. I 1984 utarbeidet han det beryktete dokumentet «Instruksjoner angående noen aspekter ved frigjøringsteologien», som pave Johannes Paul satte sin signatur under. Dette dokumentet ga støtet til en innbitt jakt på frigjøringsteologer, som nå ble utstøtt av kirken. En av dem var den meget populære brasilianske fransiskanermunken Leonardo Boff. Berlin-murens fall førte ikke til noen endring i Vatikanets holdninger til frigjøringsteologien. Tvert imot ble kampen mot frigjøringsteologien ytterligere skjerpet helt til den ble regnet for å være knust. Men dette kan vise seg å være en illusjon. Ifølge Leonardo Boff er frigjøringsteologien mer levende enn noensinne. «Så lenge det eksisterer en eneste fattig og utestengt, vil den leve videre», sier Leonardo Boff.